Sekolah Kebangsaan Pekan Membakut terletak berhampiran dengan Pekan Membakut. Sekolah ini dibina di dalam kawasan yang luasnya lebih kurang dua setengah ekar. Sekolah ini ditubuhkan pada 01.09.1962 oleh Councilor Pekan Membakut Encik Tay Ting Siong @ Tay Guan Sing. Bangunan asalnya hanyalah merupakan sebuah gedung atau gudang padi yang tidak digunakan lagi. Pada awalnya sekolah ini dikenali dengan nama N.V.S Pekan Membakut (Native Voluntary School). Sekolah ini sebenarnya bukanlah sebuah sekolah kerajaan pada masa itu, tetapi adalah merupakan atas kesedaran terhadap kepentingan pelajaran masyarakat di pekan ini.
Setelah tertubuhnya sekolah ini beliau berusaha meminta pihak Kerajaan membina bangunan baru , tetapi malangnya Kerajaan pada masa itu tidak dapat memenuhi kehendak beliau.Memandangkan mereka belum mendapat bantuan dari pihak Kerajaan, maka sebuah gedung atau gudang padi telah menjadi perhatian. Beliau dan penduduk sekitar telah sepakat untuk menjadikan gudang tersebut sebagai tapak permulaan bagi membolehkan kanak-kanak menerima pendidikan. Dari sini maka bermulalah proses pendidikan di sekolah tersebut.
Tenaga pengajar pada masa itu hanyalah seorang guru tempatan iaitu Encik Mohd. Yusof Matsari yang juga merupakan guru besar pertama sekolah tersebut. Beliau dilahirkan pada 09.07.1938 di Kampung Pimping, Membakut dan mendapat pendidikan awalnya di Daerah Membakut.
Pada ketika itu pendidikan dimulakan dari peringkat darjah satu (Tahun Satu) dengan kadar sebuah bilik darjah yang mengandungi 51 murid yang terdiri dari murid lelaki dan murid perempuan.Murid-murid di sekolah ini terdiri daripada murid-murid yang tinggal dari kawasan berhampiran dan juga dari kampung-kampung yang jauh dari Pekan Membakut.
Pengaruh pendidikan pada masa itu benar-benar membuka mata masyarakat khasnya ibu bapa. Pada tahun berikutnya (1963) bilangan murid yang berdaftar semakin bertambah dari 51 orang meningkat ke angka 71 orang. Walaupun tenaga pengajarnya hanyalah seorang sahaja, beliau terpaksa bertungkus- lumus untuk mengendalikan sesi pengajaran dan pembelajaran di sekolah. Memandangkan tugas yang disandang oleh beliau ketika itu terlalu berat ,kerajaan telah menghantar seorang lagi guru iaitu Encik Ghani Muntaha bagi membantu meringankan beban tugas beliau. Pada tahun itu juga bilik darjah telah di bahagi dua bagi membolehkan pengajaran dan pembelajaran berjalan dengan sempurna.
Matapelajaran pada masa itu terdiri dari mata pelajaran Kira-Kira (Matematik), Lukisan (Pendidikan Seni), Senaman (Pendidikan Jasmani) dan Bahasa (Bahasa Melayu). Sistem pendidikan pada masa itu jauh berbeza dari sistem pendidikan sekarang. Kelas bermula pada pukul 7.45 pagi dan berakhir pada pukul 12.25 tengah hari. Pada 01.03.1965, sekolah ini telah di tular kepada G.P.S Pekan Membakut (Government Primary School) dan akhirnya dikenali sebagai nama S.K Pekan Membakut sehingga kle hari ini.
Beberapa tahun selepas penubuhan sekolah ini, Kerajaan telah membina bangunan baru bagi menggantikan gedung atau gudang padi yang telah usang itu. Di samping bangunan sekolah Kerajaan juga telah membina empat buah rumah guru bagi menampung guru-guru yang bertugas di sekolah ini. Bangunan ini diperbuat daripada papan berlantaikan semen dan beratapkan zink.
Sungguhpun keadaan bangunan sekolah Rendah Pekan Membakut ini sederhana besarnya, namun pada sekitar 70-an, sekolah ini digunakan sebagai sekolah menengah sebelum terbangunnnya sekolah menengah yang baru. Pelajar menengah pada ketika itu menggunakan bangunan tersebut pada sebelah petang (sidang petang).
Selepas itu, sekali lagi sekolah ini mendapat perhatian, kali ini Pejabat Pendidikan Daerah Membakut telah memilih satu bangunan sekolah yang tidak digunakan sebagai Pejabat Pendidikan Daerah Membakut . Peristiwa itu berlaku dalam sekitar tahun 80-an dan kini Pejabat Pendidikan Daerah Membakut telah mempunyai bangunannya sendiri.
Kini peredaran zaman telah banyak merubah dan mempengaruhi fikiran masyarakat. Pendidikan merupakan pilihan utama untuk maju dan mencapai taraf hidup yang tinggi. Penduduk di persekitaran pekan dan juga kampung-kampung yang berdekatan berlumba-lumba menghantar anak-anak mereka ke sekolah ini. Semangat kesedaran mereka benar-benar membanggakan pihak sekolah. Kini kadar bilangan murid semakin bertambah selaras dengan bertambahnya bilangan penduduk asal tetapi juga yang datang bekerja dan berniaga dke pekan ini
Sekolah ini telah nenyediakan sebuah bangunan untuk pentadbiran dan bilik guru, sebuah Bilik Pusat Sumber (PSS), Bilik Pandang Dengar (APD), Bilik SPBT, Bilik Bimbingan, Bilik ETEMS, Makmal Sains Makmal Komputer dan Kantin Sekolah. Bilangan kelas telah bertambah menjadi 13 kelas termasuklah kelas Pra-sekolah. Ini dapat menampung pertambahan bilangan murid setiap tahun.
Sekolah ini mendapat perhatian dari pihak kerajaan dengan menghantar bilangan guru j-QAF yang ramai , seorang juruteknik komputer dan fasilitator schoolnet untuk pembangunan ICT berbanding dengan sekolah berhampiran Pekan Membakut. Pada awal tahun 2009 sekolah ini mendapat bangunan kabin dari pihak Kerajaan dan jalan masuk ke sekolah mula di turap pada hujung tahun 2009. Dengan di bantu tenaga pengajar dan kakitangan sokongan, sekolah ini cemerlang dalam bidang akademik dan sukan setiap tahun.
Sekolah yang pada masa dahulunya asalnya dari gudang padi, kini mempunyai bangunan baru yang selesa di samping kemudahan-kemudahan bahan dan peralatan yang terkini untuk kegunaan semua warga Sekolah Kebangsaan Pekan Membakut.
